W celu ostatecznego zamknięcia oraz rozliczenia projektu, Beneficjent jest zobowiązany do złożenia końcowego wniosku o płatność, w którym rozliczy całość otrzymanego dofinansowania. Przy końcowym wniosku o płatność będzie również weryfikowane czy w projekcie zostały osiągnięte wszystkie wskaźniki i założenia merytoryczne zapisane we wniosku o dofinansowanie i kryteria dostępu, których spełnienie jest obligatoryjne oraz (jeśli dotyczy) kryteria premiujące.

Końcowy wniosek o płatność powinien być złożony w terminie do 30 dni kalendarzowych od dnia zakończenia okresu realizacji projektu.

W przypadku wystąpienia oszczędności na koniec realizacji projektu, należy dokonać zwrotu tych środków przed upływem 30 dni kalendarzowych od dnia zakończenia realizacji projektu.

W terminie do 3 miesięcy od zakończenia realizacji projektu, Beneficjent powinien również potwierdzić spełnienie kryterium efektywności zatrudnieniowej.

Po zakończeniu projektu Beneficjent jest także zobowiązany do przechowywania pełnej dokumentacji przez okres wskazany w umowie o dofinansowanie. W przypadku dokumentów dotyczących pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom, okres ten powinien wynosić 10 lat, licząc od dnia jej przyznania.

Miejscem archiwizacji dokumentów powinna być siedziba podmiotu, który realizował projekt. W okresie tym należy udostępnić wgląd w dokumentację przedstawicielom instytucji, która udzieliła wsparcia, Instytucji Zarządzającej programem, z którego ono pochodziło, a także przedstawicielom Unii Europejskiej – jeżeli zajdzie taka potrzeba.

W przypadku, gdy w ramach projektu Beneficjent zakupił środki trwałe, budował obiekty lub instalacje bądź też zatrudniał pracowników, wówczas obowiązuje tzw. okres trwałości (5 lat). Jest to czas, w którym należy zachować w niezmienionej formie efekty projektu, których osiągnięcie zostało zadeklarowane we wniosku o dofinansowanie. Odstępstwem objęte są mikro, małe i średnie przedsiębiorstwa, dla których okres trwałości wynosi 3 lata.