Przepisy art. 60 lit. d) rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (Dz. U. L. 210 z 31.07.2006, str. 25) wprowadzają wymóg, aby beneficjenci oraz inne podmioty uczestniczące w realizacji projektów utrzymywały odrębny system księgowy albo odpowiedni kod księgowy dla wszystkich transakcji związanych z danym projektem. Konieczność prowadzania wyodrębnionej ewidencji księgowej jest warunkiem zawartym w umowie/decyzji o dofinansowanie projektu w ramach PO KL (w przypadku projektów systemowych w Poddziałaniu 6.1.3 w Podziałaniu 7.1.1 i 7.1.2 - w umowie ramowej).

Ze względu na rodzaj prowadzonej ewidencji i możliwość jej wykorzystania dla zapewnienia odrębnego ujęcia transakcji związanych z projektem, beneficjentów w ramach PO KL można podzielić na 3 grupy:

1. beneficjentów prowadzących pełną księgowość;
2. beneficjentów prowadzących podatkową księgę przychodów i rozchodów;
3. pozostałych beneficjentów (nie prowadzących pełnej księgowości ani podatkowej księgi przychodów i rozchodów).

W przypadku beneficjentów prowadzących pełną księgowość wymóg zapewnienia odrębnego systemu księgowego albo odpowiedniego kodu księgowego oznacza prowadzenie odrębnej ewidencji księgowej nie zaś odrębnych ksiąg rachunkowych. Jednostka może tego dokonać poprzez odpowiednie zmiany w polityce rachunkowości polegające na:

• wprowadzeniu dodatkowych kont syntetycznych, analitycznych i pozabilansowych, pozwalających na wyodrębnienie operacji związanych z danym projektem, w układzie umożliwiającym spełnienie wymagań w zakresie sprawozdawczości i kontroli, w szczególności w zakresie sporządzania zestawienia z komputerowego systemu księgowego stanowiącego załącznik do wniosku beneficjenta o płatność, lub
• wprowadzeniu odpowiedniego kodu księgowego dla wszystkich transakcji związanych z danym projektem. Wyodrębniony kod księgowy oznacza odpowiedni symbol, numer, wyróżnik stosowany przy rejestracji, ewidencji lub oznaczeniu dokumentu, który umożliwia sporządzanie zestawień w określonym przedziale czasowym ujmujących wszystkie operacje związane z projektem oraz obejmujących przynajmniej następujący zakres danych: nr dokumentu źródłowego, nr ewidencyjny lub księgowy dokumentu, datę wystawienia dokumentu, kwotę brutto, netto dokumentu. Beneficjent stosując rozwiązanie polegające na wprowadzeniu kodu księgowego zobowiązany jest przy składaniu wniosku o płatność do sporządzania techniką komputerową w postaci arkusza kalkulacyjnego (oraz załączania wydruku) „Zestawienia dokumentów potwierdzających poniesione wydatki objęte wnioskiem".

W przypadku beneficjentów prowadzących podatkową księgę przychodów i rozchodów wymóg zapewnienia wyodrębnionej dla projektu ewidencji może być spełniony jedynie poprzez wprowadzenie odpowiedniego kodu księgowego dla wszystkich transakcji związanych z danym projektem. Wyodrębniony kod księgowy oznacza odpowiedni symbol, numer, wyróżnik stosowany przy rejestracji, ewidencji lub oznaczeniu dokumentu, może być umieszczony w kolumnie „Uwagi" lub „Adnotacje" podatkowej księgi przychodów i rozchodów. Zastosowany kod księgowy powinien umożliwiać sporządzanie zestawień w określonym przedziale czasowym ujmujących wszystkie operacje związane z projektem oraz obejmujących przynajmniej następujący zakres danych: nr dokumentu źródłowego, numer w książce przychodów i rozchodów, datę wystawienia dokumentu, kwotę brutto lub netto dokumentu. Beneficjent zobowiązany jest przy składaniu wniosku o płatność do sporządzania techniką komputerową w postaci arkusza kalkulacyjnego (oraz załączania wydruku) „Zestawienia dokumentów potwierdzających poniesione wydatki objęte wnioskiem".
W przypadku beneficjentów nie prowadzących pełnej księgowości ani podatkowej księgi przychodów i rozchodów wymóg zapewnienia wyodrębnionej dla projektu ewidencji może być spełniony jedynie poprzez (łączne):

1. comiesięczne sporządzanie techniką komputerową w postaci arkusza kalkulacyjnego „Zestawienia dokumentów potwierdzających poniesione wydatki dotyczące projektu nr ... w miesiącu : .../rok". Zestawienia miesięczne sporządzane są w celu bieżącego ewidencjonowania, monitorowania oraz kontroli wydatków dotyczących projektu. Przedstawione zestawienie jest tożsame co do konstrukcji i zasad wypełniania z załącznikiem „Zestawienie dokumentów potwierdzających poniesione wydatki objęte wnioskiem". Po zakończeniu miesiąca kalendarzowego zestawienie powinno zostać wydrukowane i podpisane przez osobę sporządzającą i zatwierdzającą oraz dołączone do dokumentacji projektu potwierdzającej poniesione wydatki. Wersja elektroniczna powinna zostać zarchiwizowana lub konstrukcja arkusza kalkulacyjnego powinna umożliwiać uzyskanie w okresie późniejszym danych dotyczących poszczególnych minionych miesięcy kalendarzowych.
2. comiesięczne sporządzanie techniką komputerową w postaci arkusza kalkulacyjnego „Kumulatywnego zestawienia dokumentów potwierdzających poniesione wydatki dotyczące projektu nr ... na koniec miesiąca : .../rok". Zestawienie kumulatywne obejmuje wydatki od początku realizacji projektu do końca danego miesiąca rozliczeniowego, sporządzane jest poprzez narastające ujęcie danych zawartych w miesięcznych zestawieniach. Po zakończeniu miesiąca kalendarzowego zestawienie powinno zostać wydrukowane i podpisane przez osobę sporządzającą i zatwierdzającą oraz dołączone do dokumentacji projektu potwierdzającej poniesione wydatki. Wersja elektroniczna powinna zostać zarchiwizowana lub konstrukcja arkusza kalkulacyjnego powinna umożliwiać uzyskanie w okresie późniejszym danych według stanu na koniec poszczególnych minionych miesięcy kalendarzowych.
3. sporządzanie przy składaniu wniosku o płatność arkusza kalkulacyjnego (oraz załączania wydruku) „Zestawienia dokumentów potwierdzających poniesione wydatki objęte wnioskiem" za okres, którego wniosek dotyczy. Dokumentacja w wersji papierowej i elektronicznej dotycząca złożonego wniosku
4. płatność powinna być archiwizowana przez beneficjenta.

Przyznanie beneficjentom środków na realizację projektów nie jest uzależnione od zastosowania przez nich procedury przewidzianej w ww. ustawie, w przypadku gdy taki obowiązek nie wynika z zapisów ustawy lub innych aktów prawnych. Beneficjenci zaliczający się do podmiotów wskazanych w art. 3 ust. 1 pkt. 1-5 oraz 7 ustawy są zobligowani do wydatkowania środków uzyskanych w ramach PO KL z zastosowaniem jednej z procedur (trybów) określonych przepisami ustawy.

Wartość amortyzacji przypisanej do projektu może zostać zrefundowana przez beneficjenta na podstawie noty księgowej, a następnie zaksięgowana poprzez wystawienie polecenia księgowania (PK). Wymieniony sposób rozliczania amortyzacji został umieszczony w zaktualizowanej wersji dokumentu Zasady finansowania PO KL.

W budżecie projektu należy wykazywać wydatki kwalifikowane. Dotyczy to również kosztu podatku od towarów i usług , jeżeli został poniesiony przez beneficjenta i nie ma on możliwości jego odzyskania, tj. odliczenia na zasadach określonych w ustawie z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U.Nr. 54, poz. 535, z późn. Zm.). W przypadku, gdy projekt jest realizowany w formie partnerstwa,, podatek VAT powinien być ujęty w budżecie projektu jedynie w części odpowiadającej kosztowi podatku VAT poniesionego przez tych partnerów, którzy nie mają prawa jego odzyskania. Natomiast w stosunku do pozostałych partnerów, podatek od towarów i usług nie powinien być wykazywany.

W budżecie projektu należy wykazywać wydatki kwalifikowane. Dotyczy to również kosztu podatku od towarów i usług , jeżeli został poniesiony przez beneficjenta i nie ma on możliwości jego odzyskania, tj. odliczenia na zasadach określonych w ustawie z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U.Nr. 54, poz. 535, z późn. Zm.). W przypadku, gdy projekt jest realizowany w formie partnerstwa,, podatek VAT powinien być ujęty w budżecie projektu jedynie w części odpowiadającej kosztowi podatku VAT poniesionego przez tych partnerów, którzy nie mają prawa jego odzyskania. Natomiast w stosunku do pozostałych partnerów, podatek od towarów i usług nie powinien być wykazywany.

Podatek od towarów i usług (VAT) może być uznany za wydatek kwalifikowany tylko wtedy, gdy został rzeczywiście poniesiony przez Beneficjenta oraz Beneficjent nie ma prawnej możliwości odzyskania podatku od towarów i usług (VAT).
W przypadku, gdy VAT może zostać częściowo odzyskany przez beneficjenta, kwalifikowalna jest tylko część, która nie może zostać odzyskana. Aby podatek VAT był kwalifikowany Beneficjent musi złożyć do umowy o dofinansowanie oświadczenie o kwalifikowalności VAT. Oświadczenie to stanowi załącznik do Dokumentacji Konkursowej.

Zgodnie z Zasadami finansowania Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki „zabezpieczenie realizacji projektu" jest kosztem bezpośrednim. Należy pamiętać, iż zgodnie ze znowelizowaną Ustawą o opłacie skarbowej z dnia 16 listopada 2006 r. (Dz.U. Nr.225, poz.1635 z późn. zm) nie pobiera się opłaty skarbowej od weksla in blanco, zatem Beneficjent nie ponosi kosztów jego wystawienia.

Nie ma takiego wymogu.

Okres kwalifikowalności wydatków określany jest każdorazowo w umowie o dofinansowanie zawartej z Beneficjentem oraz w dokumentacji konkursowej (Szczegółowe kryteria dostępu). Co do zasady, złożenie wniosku w siedzibie Wojewódzkiego Urzędu Pracy w Szczecinie równoznaczne jest z rozpoczęciem okresu kwalifikowalności wydatków. Od tego momentu uprawnione jest ponoszenie wydatków w ramach złożonego wniosku, pod warunkiem prowadzenia odrębnej księgowości dla tych kosztów. Równocześnie należy podkreślić, że wydatkowanie do chwili zatwierdzenia wniosku i podpisania umowy odbywa się na wyłączną odpowiedzialność danego Beneficjenta. W przypadku, gdy Beneficjent nie przejdzie pozytywnie oceny i nie podpisze umowy o dofinansowanie projektu, uprzednio poniesione wydatki nie będą mogły być zrefundowane.
Możliwe jest także kwalifikowanie wydatków poniesionych po dniu wskazanym jako dzień zakończenia realizacji projektu, o ile wydatki te odnoszą się do zadań realizowanych w okresie wdrażania projektu oraz zostały poniesione przed złożeniem końcowego wniosku o płatność. Szczegółowe informacje na temat zasad kwalifikowalności wydatków w ramach POKL (w tym również cross-financingu) określają Wytyczne w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach POKL dostępne na stronie internetowej www.efs.gov.pl lub www.wup.pl

Ocena projektu dokonywana jest na podstawie kryteriów zawartych w karcie oceny formalnej i merytorycznej. Każdy projekt musi przejść pozytywnie ocenę zarówno pod kątem formalnym jak i merytorycznym.
Ocena formalna polega na sprawdzeniu wszystkich warunków wymaganych na tym etapie, m.in. czy wniosek złożono we właściwej instytucji, w określonym terminie, wniosek jest kompletny itp. Niespełnienie tych warunków skutkuje jego odrzuceniem.
Oceny merytorycznej dokonuje Komisja Oceny Projektów na podstawie karty oceny merytorycznej. Kryteria merytoryczne dotyczą treści wniosku, wiarygodności i zdolności projektodawcy do podjęcia realizacji projektu.
Wzór karty oceny formalnej i merytorycznej znajduje się w następującym dokumencie: System Realizacji Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki 2007 - 2013. Dokument dostępny jest na stronach: www.wup.pl, www.mrr.gov.pl