Najważniejsze zmiany wprowadzone do dokumentu obejmują:
1.    modyfikację metodologii doboru projektów do kontroli w latach 2014  – 2015, w związku z końcowym etapem realizacji PO KL. Zmieniona metodologia obliguje IP/IP2 do kontroli przynajmniej 30 proc. projektów najbardziej ryzykownych wybranych z puli projektów, które dotychczas nie podlegały kontroli na miejscu, przy jednoczesnym zaleceniu, aby do analizy ryzyka włączane były również te projekty, w których stwierdzono poważne nieprawidłowości w ramach poprzednich kontroli wydatków;
2.    określenie końcowych terminów przeprowadzania kontroli na miejscu – biorąc pod uwagę harmonogram zamykania Programu, zalecane jest zintensyfikowanie działań kontrolnych w III kwartale 2015 r. oraz zakończenie kontroli do 31.12.2015 r.;
3.    uszczegółowienie kwestii konieczności weryfikacji sposobu wykorzystania sprzętu kupowanego w ramach zadań merytorycznych projektów, w związku z rekomendacją audytu Europejskiego Trybunału Obrachunkowego.