Zmiany wprowadzone do dokumentu obejmują:
1) W celu wypełnienia rekomendacji z audytów przeprowadzonych przez służby Komisji Europejskiej w 2012 i 2013 r., dotyczących wzmocnienia procedury oceny projektów systemowych, w rozdziale 4. Projekty systemowe wskazano, że ocena merytoryczna projektu systemowego będzie dokonywana obligatoryjnie przez dwóch oceniających:
a) w przypadku wniosku o dofinansowanie projektu systemowego przewidzianego do realizacji w ramach następujących Działań i Poddziałań PO KL: 1.1, 1.2, 1.3.7, 1.4, 2.1.3, 2.2.1, 2.3.1, 2.3.2, 2.3.3, 3.1.1, 3.1.2, 3.2, 3.3.1, 3.3.3, 3.4.1, 3.4.2, 4.1.3, 5.1.1, 5.1.2, 5.1.3, 5.2.2, 5.3, 5.4.1, 5.5.1 w ramach IP2, IP albo IZ (w zależności od tego, do której instytucji – zgodnie ze strukturą instytucjonalną systemu wdrażania  PO KL – zostanie złożony wniosek) przez dwóch ekspertów zewnętrznych wybranych przez IZ PO KL;   
b) w ramach pozostałych Działań i Poddziałań PO KL (z wyłączeniem Poddziałań 6.1.3, 7.1.1, 7.1.2, 7.1.3, 9.1.1 i 9.1.2, w ramach których ocena projektów systemowych będzie nadal dokonywana przez jednego oceniającego) przez dwóch pracowników właściwej instytucji albo pracownika właściwej instytucji i eksperta zewnętrznego albo przez dwóch ekspertów zewnętrznych.
2) W związku z pojawiającymi się wątpliwościami oraz w celu zapewnienia prawidłowego wdrażania Programu w rozdziale 4. Projekty systemowe i w rozdziale 6. Wybór projektów (projekty konkursowe) usunięto zapisy, że instytucja, w której dokonywany jest wybór projektów, odbiera od osób zatrudnianych na stanowiskach związanych z przyznawaniem środków unijnych oświadczenia, co do braku orzeczenia wobec tych osób kary zakazu zajmowania takich stanowisk.
3) Zgodnie z rekomendacją z audytu przeprowadzonego przez służby Komisji Europejskiej w 2012 r. do podrozdziału 6.5 Ocena merytoryczna – procedura oraz analogicznie w innych adekwatnych częściach dokumentu wprowadzono rozwiązanie, zgodnie z którym do dofinansowania może zostać skierowany wyłącznie projekt, który został oceniony pozytywnie przez dwóch oceniających, tj. uzyskał od każdego z oceniających minimum 60 pkt ogółem oraz minimum 60% w poszczególnych częściach oceny.
Jednocześnie, w związku ze zgłoszonymi w ramach konsultacji uwagami, doprecyzowano zasady powoływania do oceny merytorycznej trzeciego oceniającego.
4) W podrozdziale 6.13 Podpisanie umowy o dofinansowanie projektu wprowadzono zapis, że w przypadku, gdy w odniesieniu do danego wniosku o dofinansowanie przeprowadzane były negocjacje i w ich wyniku do wniosku wprowadzone zostały zmiany, na etapie między zakończeniem negocjacji a zawarciem umowy o dofinansowanie IOK jest zobowiązana do przeprowadzenia weryfikacji dokonanej uprzednio pozytywnej oceny wniosku, który później podlegał korekcie, w aspekcie jej zgodności z właściwymi kryteriami wyboru projektów. Dodatkowo wprowadzono terminy dotyczące obiegu dokumentów w przypadku konieczności dokonania korekty wniosku przed podpisaniem umowy o dofinansowanie na skutek ustaleń poczynionych na etapie negocjacji. 
5) W podrozdziale 6.16 Procedura odwoławcza uspójniono zapisy, dotyczące braku możliwości przesłania środka odwoławczego drogą elektroniczną.
6) We wzorze Karty oceny formalnej wniosku o dofinansowanie projektu systemowego PO KL (Załącznik nr 1) uzupełniono przypis do pytania Czy roczny obrót projektodawcy i partnerów (o ile budżet projektu uwzględnia wydatki partnera) jest równy lub wyższy od rocznych wydatków w projekcie (zgodnie z zapisami pkt 3.6 wniosku oraz z budżetem projektu)? w zakresie dotyczącym projektów realizowanych w ramach Poddziałania 6.1.3. Analogiczny przypis zawarto w rozdziale 4 Projekty systemowe.
7) Doprecyzowany został wzór Karty oceny formalno-merytorycznej wniosku o dofinansowanie projektu konkursowego PO KL, obowiązujący w odniesieniu do procedury wyboru projektów „modelowych” oraz procedury wyboru projektów „oryginalnych” (Załącznik nr 4D).
8) W całym dokumencie, w tym w szczególności w Załączniku nr 7 Wzór Planu Działania oraz Instrukcja wypełniania Planu działania oraz w Załączniku nr 18 Zasady dokonywania i wprowadzania zmian i odstępstw w ramach Planów działania PO KL, zweryfikowano i skorygowano zapisy w zakresie wynikającym z decyzji IZ PO KL o opracowywaniu Planów działania na lata 2014-2015, a nie na jeden rok kalendarzowy.
9) Doprecyzowano pytania nr 1.6 we wzorze listy sprawdzającej dla protestów (Załącznik nr 16) oraz we wzorze listy sprawdzającej dla odwołań (Załącznik nr 17).
10) Część stosowanej w dokumencie terminologii została skorygowana w związku z utworzeniem Ministerstwa Infrastruktury i Rozwoju. 
 
Nowe Zasady dokonywania wyboru projektów w ramach PO KL obowiązują dla konkursów i rund konkursowych ogłaszanych oraz dla wniosków o dofinansowanie projektów systemowych składanych od dnia 1 stycznia 2014 r.

Jednocześnie – w związku ze zmianą brzmienia znajdujących się w Zasadach dokonywania wyboru projektów w ramach PO KL zapisów dotyczących Grupy Sterującej – aktualizacji podlegają również następujące dokumenty: Instrukcja wypełniania wniosku o dofinansowanie w ramach PO KL oraz Zakres realizacji projektów partnerskich określony przez IZ PO KL. Nowa wersja instrukcji zostanie na początku stycznia 2014 r. zintegrowana z Generatorem Wniosków Aplikacyjnych PO KL.
 
Jedyne zmiany w Zakresie realizacji projektów partnerskich określonym przez IZ PO KL wprowadzone zostały do pkt 13, dotyczącego Grupy Sterującej (w celu zachowania spójności Systemu Realizacji PO KL w zapisie odnoszącym się do składu Grupy dodano odesłanie do objętych konsultacjami Zasad dokonywania wyboru projektów w ramach PO KL), do przypisu nr 8 w pkt 15 (zaktualizowano nr dziennika urzędowego) oraz do pkt 68, określającego początkową datę obowiązywania dokumentu, czyli 1 stycznia 2014 r. Natomiast w Instrukcji wypełniania wniosku o dofinansowanie w ramach PO KL zmiany wprowadzone zostaną w zakresie dotyczącym opisu Grupy Sterującej oraz w przypisie nr 2 (wprowadzenie nazwy Ministerstwa Infrastruktury i Rozwoju).